Les ennemis repop oui. En fait je ne pense pas qu'un village soit habité, cest simplement que des groupes de sauvages rodent à coté sans pour autant faire leur vie au village.
Les ressources reviennent, animaux, plantes mais pas les arbres (mais je pense qu'il y a une option pour qu'ils repoussent).
Concernant les valises, j'ai l'impression que certaines se reremplissent et d'autres non.