Perso, je préfère garder vides les coffres des bâtiments professionnels car ça fait aussi office de zone tampon dans le cas où les coffres des entrepôts sont pleins. Les PNJ remplissent alors les coffres de leur lieu de travail.
En règle générale, pour être sûr de l'endroit où les items doivent être stocké, il suffit de passer par l'onglet gestion des bâtiments pro et de définir les items à produire. Les PNJ les mettront eux-mêmes au bon endroit une fois qu'ils les auront produit.
C'est ainsi que j'ai pu voir que les outils (houe, sac, faux et faucilles) ainsi que l'engrais et les graines sont stockés par les PNJ dans l'entrepôt de ressources. Une fois récoltés, les fruits et légumes sont stockés dans l'entrepôt alimentaire.