Alors si je me souviens bien, il est possible de les récupérer assez tôt dans l'aventure. Des coffres cachés par ci et là possède les pierres recherchées.
De la Citrine tu peux en avoir dans le coffre au dessus de la maison du Mont Toroyama (-99;34) ou au spot de plongée aux Champs de Gurenu (-65;55).
Toujours au Mont Toroyama tu peux trouver de l'Hématite, de l'Améthyste et de l'Opale. L'Hématite se trouve dans un coffre caché au niveau de la bouche d'air totalement à gauche. Y'a un câble qui rentre dans un mur pendant l'ascension colle toi au mur de gauche, continue le chemin et tu l'auras). L'Améthyste se trouve au sommet de la même bouche d'air à droite. L'Opale est dans un coffre juste avant la sortie de la mine. Au pire t'en achètes au Phare de Hikarishima (-137;-14) pour 2000~2500.
Du Diamant, tu peux en avoir 1 avec Susan (16 ou 15 poissons dans ta collection... je sais plus) ou bien dans la Carrière de Hoseki (-137;28), il y en a dans un coffre caché. Au bout d'un moment y'a une tonne d'échelles à monter, durant l'ascension tu verras un câble rentrer dans le mur de droite, suis le câble et tu verras le coffre.