C'est vrai que le terme n'est pas clair du tout, ça aurait été bien d'avoir une petite description des tags dans le jeu. Rien que pour le tag Affrontement, j'ai compris trois jours après que c'était pour les niveaux multijoueurs/versus, et non pour les combats de boss.
(pour le coup la faute revient surtout aux traducteurs du jeu, car il me semble que le tag anglais est beaucoup plus explicite)
Pour moi, le tag Thématique, c'est pour les niveaux qui mettent en avant le design (aussi bien au niveau du visuel qu'au niveau du game design), et qui l'utilisent pour donner une identité propre au niveau, en gardant une certaine cohérence tout le long. Par exemple, pour reprendre l'exemple du Chateau de Twomp, pour que je le considère comme étant "thématique", il faudrait que l'intégralité des challenges proposés dans le niveau soient basés sur les Twomps, tout en gardant le même type de visuel et de construction du début à la fin.
Et du coup non, tous les niveaux ne sont pas thématiques, et peu sont ceux pouvant se vanter de l'être de mon point de vue. Un (bon) niveau thématique implique beaucoup d'efforts et de réflexion dans la construction du niveau, efforts que tout le monde ne prend pas le temps de faire. 
(Après ça reste mon point de vue, vu qu'il n'y a pas d'explication claire dans le jeu, le tag peut effectivement vouloir dire tout et n'importe quoi...
)