J'ai le même problème et je joue sur Series X.
Les taches noires se produisent dès qu'il pleut mais dès que je fais voyage rapide sur la première zone celle du début.
Elle disparait.
Donc ce bug vient du jeu et non un problème graphique de la console.
Tout comme les murs invisibles et parfois impossibles d'ouvrir un casier ou une casse.
Obliger de réamorcer la partie.