Il est possible de collecter des documents dans les missions.
Néanmoins dans certaines mission, comme la protection de témoin où il faut tuer les assassins, la mission démarre en combat au premier coup de feu tiré, ce qui incite donc grandement à l'évacuation le plus vite possible sans avoir le temps de fouiner dans les bâtiments.

Ma question est donc : on risque de manquer quelque chose si on ne récupère pas tous les documents/armes, ou est-ce qu'on pourra récupérer exactement les mêmes dans d'autres missions ?

Je précise que je suis nouveau sur le jeu, je n'ai donc pas les armes à silencieux.

Bonjour, non rien d'indispensables.
Les documents servent à résoudre des enquêtes, certaines font parti de l'histoire principale, d'autres ne servent qu'à débloquer des améliorations ou des contacts avec des nouveaux agents à recruter par exemple.

Si tu n'a pas le temps de tout fouiller à chaque missions c'est pas grave, tu trouvera les documents à la missions suivante. Pareil pour les équipements. Mais quand tu as le temps vas y.

Il y a un autre aspect à ne pas négliger :

Si tu as déjà découvert une planque du spectateur dans la map monde et que tu n'as pas encore résolu tous les dossiers ouverts, je te conseille de ne pas les résoudre (dossiers hors histoire principale evidemment). Parce que résolus, ils ne t'apporteront rien d'autres que des candidatures d'agents que, de toutes manières, tu ne peux soit : ne pas pouvoir recruter par manque de place dans la cabale ou soit par manque de finances.