Pour capturer, il faut juste que l'ennemi soit paralysé à la fin de ta mission. Après en effet, il y a un risque qu'il meurt car toute les armes paralysante font un peu de dégât et peuvent provoquer un saignement. Après, si tu utilises des armes paralysantes sur un ennemi full pv, tu ne devrais avoir aucune chance de le tuer avant d'arriver à le paralyser (ce n'est pas comme X-COM ou il faut viser des ennemis affaiblit, attaquer des ennemis full vie marche aussi bien, voir mieux, que des déjà blessés).
Sinon non, pas besoin de libérer une place dans ton vaisseau. 
Quelques remarque supplémentaire : le contrôle mentale ne marche pas pour capturer un ennemi (il faut le "libérer" puis le paralyser) donc attention à ne pas prendre le contrôle du dernier ennemi si tu veux le capturer (car cela met fin à la mission). Enfin, la valeur de paralysie d'une cible diminue de 1 chaque tour, donc attention à prendre un peu de "marge".
Sinon, l'armes paralysante de base est plutôt médiocre. Le Synédrion en produit des meilleurs (pistolet, fusil de sniper). Le pistolet est assez facile à obtenir.
Et n'oublie pas, "explosion de rage" marche avec les armes paralysantes ! Si tu veux capturer un gros truc, n'hésite pas à l'employer.