Tu retires quand meme énormément à certaines civilisations qui dépendent beaucoup des Cités Etats (Georgie, Hongrie, la Grece avec Pericles, voire meme la plupart des civilisations commerciales) en jouant comme ça (dans le cas de la Georgie, c'est encore pire, en retirant les barbares, tu réduits aussi pas mal leur capacité qui donne de la foi pour chaque unité tuée), et tu rends inutile pas mal de cartes (surtout les cartes vertes, beaucoup sont liées aux Cités Etats) et certaines merveilles. Meme certains eurekas et inspirations en début de partie dépendent des Cités Etats et des barbares donc ça désavantage certaines civilisations en les retirant.
Sinon, pour les 3 autres sociétés secrètes, tu en as quand meme 2 dont le premier bonus est surtout lié à ces éléments. Les Vampires, leur première caractéristique, c'est de devenir plus fort en tuant des barbares (ils peuvent gagner 10 points comme ça, meme si ils peuvent aussi gagner en force contre les armées adverses, c'est plus sur de commencer par les booster face aux barbares) et la société de Minerve, le premier bonus (qui se renforce vraiment bien avec les bonus suivants), c'est d'avoir un envoi dans une Cité Etat à chaque fois qu'on fait une route commerciale chez elle. Le Vampire ne repose au final pas que sur ça (en fait, sa plus grande force, c'est le chateau qu'il peut construire à partir du Moyen Age), mais pour la société de Minerve, meme si on peut profiter de bonus pas liés aux Cités Etats, ça reste quand meme en jouant axé sur les Cités Etats qu'on en tire le plus.
Autant les Cités Etats, si ça te gènes d'en avoir, je comprend que tu les désactives, mais pour les barbares, suivant le type de carte, ils peuvent etre complètement éradiqués très tot dans la partie après avoir joué leur role au début. Et les villages, c'est juste un bonus, je vois pas trop en quoi ça "pollue" la carte, ça empeche aucun déplacement ni implantation d'une ville, d'un quartier ou d'un aménagement. A part si c'est le fait qu'ils donnent un bonus qui te déranges (mais dans ce cas là, je comprends pas pourquoi tu utilises le mode sociétés secrètes parce que les bonus sont bien plus abusés que ce que peut donner un village), je vois pas de raison de les retirer, et ça te ferais au moins voire une deuxième société secrète.
Si tu joues par exemple sur une carte Pangée avec 3 ou 4 Cités Etats (après, ça dépend aussi de la taille de la carte) avec les barbares et les villages, tu pourras profiter de la présence des 4 sociétés secrètes sans que les Cités Etats et les barbares prennent trop d'importance. Je pense que ça peut faire un bon compromis.