(Pour des raisons d'habitude, j'utilise le pronom féminin pour Chara)
C'est très simple : Chara s'est réveillée sans savoir pourquoi, et a décidé de te suivre pour savoir la raison de son réveil.
En vidant l'underground, tu lui a montré qu'elle est revenue au monde pour devenir plus fort, et puisque le monde est vide, elle souhaite l'effacer pour passer à un autre, on prend les mêmes et on recommence.
Mais pris de remords, ou juste par perversion, tu décide de recréer le monde. Hélas, tu as déjà implanté une idée fondamentale dans la tête de Chara, et elle la suivra coûte que coûte, sans rien ni personne pour l'en empêcher.
Chara a le contrôle désormais.
Et elle compte bien faire ce pourquoi elle s'est réveillée.