Je vais étaler ma réponse mais c'est d'après ce que j'ai compris, n'hésitez pas à me corriger si je fais fausse route.
Perso, j'ai compris qu'il voulait la tuer car Gaïa a eu l'idée de créer Aloy avec le même physique que Elisabet Sobeck et également avec le même caractère (une femme forte), ainsi Aloy pourra entrer facilement dans les portes blindées pour découvrir le plan d'Hadès, le seul problème, comme vu dans l'hologramme, lorsque Gaïa l'a fait, Hadès a pénétré le système et il a donc su ce que Gaïa a fait.
Hadès a donc décidé de liquider Aloy mais du coup, vu qu'il était inoffensif dans sa boule de cristal (
)
, il ne pouvait rien faire. C'est pour ça qu'il n'y a jamais rien eu contre elle tant qu'elle était enfant. Des années plus tard, Sylens découvre Hadès, il s'intéresse à lui tout en échangeant des connaissances sur les Anciens. Je pense que Aloy devait avoir 19 ans.
Bref, Hadès avait besoin d'une armée pour accomplir sa mission auto programmée par les Anciens, Sylens a donc recruté les anciens Carja qui étaient fidèle à l'ancien Roi Soleil tyrannique qui a été tué par son fils, Avad. Comme l'a dit Sylens, la guerre était bien tombée entre les Carjas et sa rencontre avec Hadès, il a donc rallié Hélis et Bahamas ainsi que d'autres... Hadès voulait accomplir sa mission en exterminant l'humanité, Sylens voulait des connaissances sur les Anciens et Hélis et Bahamas reprendre Méridian, tout était bien pour tout le monde, chacun voulait quelque chose. Ils ont donc aidé Hadès en faisant revenir d'anciennes machines pour monter une armée mais Sylens a découvert ce qu'il voulait réellement et il s'est donc barré. 
Bien sur Hadès ne savait pas où se trouvait la création de Gaïa, et c'est donc là qu'Olin entre en jeu... Olin espionnait il me semble avec le focus, c'est d'ailleurs pour ça que le focus d'Olin a fait un bruit assourdissant quand Aloy est venu lui parler (Olin a dit, mon focus est défaillant), Hadès a reconnu les traits d'Elisabet Sobeck sous Aloy... il a fait une comparaison des deux femmes, Hadès a donc ordonné la mort d'Aloy au sein de l'Eclipse.
Pour info, Elisabet était la personne qui a crée Gaïa avec d'autres et c'était aussi une femme extrêmement forte qui n'abandonnait jamais. D'ailleurs, tout à la fin, Elisabet parle à Gaïa et cette dernière lui demande "Si vous auriez voulu une fille, vous aurez aimé qu'elle soit comment ?" Elisabet a répondu "Qu'elle soit curieuse comme moi !". Bref, Gaïa a su quoi faire des années après.