Une solution a été apporté par un utilisateur (même si j'aurai préféré une solution de la part des dev...) sur le forum du jeu sur steam : http://steamcommunity.com/app/322920/discussions/0/141136086913791192/
J’ai suivis toutes les étapes sauf celle concernant le fichier .sav que j'ai jamais eu dans le fichier remote et que je n'ai pas voulu rajouter (donc sans les étapes 6 9 10 11) j'ai fait plusieurs test en lançant différentes sessions, en fermant steam etc, et pour le moment ça marche parfaitement.
J'ai récupéré l’équipement, l'argent et mon niveau que j'avais avant la dernière maj et à nouveau le jeu enregistre ma progression et ne se réinitialise plus.