Alors franchement merci mais je viens de trouver pourquoi ^^
Enfaite c'est tout bête ça venait effectivement du système étant donné qu'avec shell_exec j'activais mon script en premier plan et non en tâche de fond du coup ça bloquait certainement le système jusqu'à que le script termine.
Pour remedier à cela j'ai executé shell_exec en tache de fond en rajoutant ça à la fin de mon shell_exec
> /dev/null 2>/dev/null &