"<input type="file" name="file" id="file"/>"
Voilà l'erreur ! Dans ton code ($_FILES["fileToUpload"]) fileToUpload correspond à la valeur de name dans ton formulaire.
Autrement dit si tu fais un var_dump($_FILES['fileToUpload']); il dira clairement qu'il n'y rien, parce que ce n'est pas le bon nom.
Deux solutions:
Tu peux changer index.php et remplacer name="file" par name="fileToUpload" .
Ou tu peux changer script.php et remplacer $_FILES['fileToUpload'] par $_FILES['file'].