Si c'est une application qui doit tourner dans le navigateur, jette un oeil du côté de LocalStorage et SQLite (pour le dernier, le support est pas encore complètement standard). Si tu cherches à faire une application "indépendante" en js, par exemple avec Electron ou Node-webkit, tu auras accès au système de fichiers, et donc tu pourras faire un peu ce que tu veux, via JSON, par exemple, ou via SQLite.