Tout dépend de la personne, personnellement je te dirais de mettre les inputs (avec des types hidden) en HTML en dur et de laisser Javascript les afficher ou non, plutôt que bourrer ton code JS de code HTML et rendre moins lisible le tout.
Dis toi juste qu'HTML y'a ton contenu à afficher, et JS à modifier/récupérer/supprimer/etc... Libre à toi de décider du fonctionnement de ton formulaire, tant que ça marche et qu'un développeur puisse lire correctement ton code.