Jeav, tu dois juste te dire que l'obfuscation complexifie l'apparence du code, et donc introduit certaines manipulations qui, potentiellement, peuvent le ralentir.
Là où la minification ne fait que supprimer les espaces (inutiles pour la machine), éventuellement renommer les variables (le code fonctionne pareil, tu pourrais très bien coder toi-même en n'utilisant que des variables nommées "ab", "fr", "dz", …). Certains minifiers vont un peu plus loin et te proposent des options de nettoyage du code, en vue de "gommer" certaines mauvaises pratiques qui affectent les performances de ton code.
Pour ça, je t'invite à lire attentivement la doc de uglifyjs qui explique assez bien chaque option et son impact sur ton code. C'est très instructif et ça peut t'apprendre des choses qui permettront d'optimiser ton écriture de code en amont.