Ce sont deux stacks bien différents.
Meteor vise à harmoniser le côté client et serveur non plus uniquement par le langage, mais aussi par une interface commune du côté du code. C'est un style assez spécial, mais ça permet du prototypage très rapide.
Ça a un peu la magie de Rails à ses débuts. C'est aussi très jeune et donc pas forcément souhaité pour des grosses productions pour le moment.
À côté le MEAN stack est plus conventionnel et plus classique, avec moins d'influence sur le front (enfin, de façon plus séparée en tout cas). Le changement sera moins brutal si tu viens de frameworks classiques type Rails, Django ou Symfony.
Les deux restent des solutions puissantes. Dans le doute, j'aurais tendance à utiliser MEAN, qui reste quand même moins exotique, avec moins de "magie". J'opterais pour Meteor pour des projets persos sans grands enjeux ou des prototypes, en attendant que ça soit plus mature.
D'un point de vue professionnel, tu trouveras beaucoup plus facilement du taff en bossant avec du MEAN que du Meteor, mais Meteor est encore jeune donc ça explique une partie.