J'ai testé deux trois trucs, et je commence à avoir une idée de comment organiser les messages.
Le plus simple, c'est pour les nations secondaires : on supprime toutes les fenêtres flottantes, et on garde les icônes (les messages fermés sur lesquels on peut cliquer pour avoir les détails) des déclarations de guerre et traités de paix. Ca permet de suivre un peu plus facilement les conflits, sans avoir à regarder en permanence dans le grand livre.
Pour les nations importantes, on peut laisser plus d'icônes actives, voire des fenêtres flottantes pour être sûr d'être informé quand un pays qu'on veut attaquer entre en guerre sur un autre front. Il faut juste se souvenir de marquer les pays qui nous intéressent le plus.
Pour le reste, je n'ai pas de principe absolu. Je préfère désactiver la pause automatique parce que de toute manière je le fais manuellement quand je reçois une alerte, donc la pause automatique crée plus de confusion qu'autre chose. Si on a un doute sur certains messages, on peut les laisser en fenêtre flottante, et changer la configuration si on s'aperçoit que c'est inutile (avec l'icône situé en bas à droite de la fenêtre de message).
En gros, le but c'est d'avoir des fenêtres flottantes pour toutes les informations importantes (un pays me déclare la guerre, mon héritier vient de mourir, etc...), un message fermé pour ce qui est secondaire mais utile (Un pays du SERG attaque un OPM, le traité de paix qui en découle, un vassal est annexé...), et rien pour ce qui est sans importance (soit la grande majorité des messages générés)
L'intérêt, c'est d'éviter d'avoir quarante trucs qui s'ouvrent tous les mois et une nuée de messages sans intérêt dans la toute petite fenêtre dédiée, au milieu de laquelle est noyée le déclenchement de la guerre de la ligue.