J'ai bien peur qu'il n’existe pas de solution miracle.
Le rover est le moyen le plus économique de se déplacer, mais ça prend du temps.... beaucoup de temps.
J'me suis lancé il y a plusieurs mois dans un projet insensé d'explorer tous les biomes de Duna en un seul vol avec un 4x4 de la science, piloté par un Kerbal pour ne pas avoir à s'inquiéter des liaisons radios.
Je m'étais imaginé que le module "Rover Autopilot" de Mechjeb ferait le plus gros du travail, hélas non car il ne peut pas anticiper le terrain et à chaque fois c'est l'accident. Le limiter à une vitesse de 5m/s c'était juste impensable.
Heureusement Duna possède de grandes plaines ou il est possible d'atteindre les 30m/s, si on active prudemment le physical warp, ça fait un sacré gain de vitesse.
Mais bien souvent le relief local oblige à rouler lentement et la c'est une traversée du désert monotone et longue. (tout en restant attentif car les accidents arrivent très vite).
6h irl pour 200 bornes ..... et ça représente rien du trajet à faire.
Au final le module de Mechjeb m'a servi pour tracer la route mais je ne le referai plus jamais
Le jeu n'est pas pensé pour ce genre de mission vu la quantité de science que ça donne:
Donc au final j'dirais que le plus rapide reste les "sauts de puce" d'un biome à l'autre et d'oublier les rovers de science.
Evidemment la gravité locale limitera énormément le nombre de saut, mais sur des astres comme minmus c'est super simple et super rentable.
Sur la mun c'est faisable aussi de réaliser 3/4 sauts avant de rentrer. Sur Eve ou Tylo on oublie 
Il est possible aussi de refaire le plein avec des missions forage/science mais c'est plus long.