Oui et non !
Dans l'histoire c'est pareil oui mais avec d'énorme différence avec le manga voir même la version a moitié non censuré japonaise.
Faut savoir la version qu'on a eu à été censuré jusqu'au Carte par les ricains ! Ils vont cru faire une bonne action pour les petit sauf que le manga Yu-Gi-Oh à quand même un côté sérieux.
Pour te donner des petits exemple :
Déjà les noms :
Joey / Jono Uchi
Thea/ Anzu
Tristan/Honda
Marek/Malik oui c'est un egyptien un musulman il a un nom arabe ( les ricains on pas aimé
)
Odion/ Rishid alias Rachid encoreun nom arabe comme par hasard 
Seto kaiba qui paraît sadique dans l'anime alors que dans le manga il accepte son destin.
Les flingues qui disparaissent
Le royaume des ombres à la place du sujet principal de yugioh qui est la mort !
Les duels dans certains cas un peu trop édulcoré exemple Pandora vs Yugi, ils sont attaché et il y a un disque qui tourne et qui se rapproche au fur et a mesure que les points de vie baisse, ce disque dans l'anime doit envoyer l'âme du perdant au royaume des ombres, dans le manga ou la version non censuré, c'est une scie électrique bref je te laisse imaginer la suite 
Le duel Joey vs Malick
Dans l'anime en gros les regles du duel des ténèbres c'est genre que le monstre a un fil qui se rattache a son joueur et au fur et a mesure que leurs monstre soit detruit ils perdent de l'énergie vitale jusqu'à ce que leurs âme soit envoyé au royaume des ombres 
Dans le manga pareil ils sont rattaché à leurs monstre sauf que ils ressentent tout la douleurs du monstre detruit, genre quand malik utilise son monstre pour baisser la puissance du guerrier panthère via choc électrique et bien joey ressent aussi cette douleur, quand le monstre se fait empaler le joueur pareil ressent la douleurs... 
C'est une douleur physique mais qui est psychologique c'est mentale !
Quand le monstre de joey était en train de brûlé à la fin du duel par l'attaque du Dieu egyptien bah joey etait en train de brûlé aussi... 
C'est pour ça que il se réveil après il a pas perdu dans les regles du duel il s'est évanoui 
L'histoire des objet du millenium oublié dans l'animé aussi comment ils ont été créer... 
Dans le manga c'est dit qu'ils ont été créer par les âmes d'homme et de femme