Il me semble que Manus est bel et bien celui qui a trouvé la Dark Soul, qu'il a donc était pendant un temps le "premier des Hommes". Mais qu'avant son départ pour Oolacile, celui-ci a fragmenté la Dark Soul et en a fait don à ceux dignes de lui succéder parmi les "Hommes primordiaux" (qui deviendront les pygmées qu'on connaît si bien dans The Ringed City)
C’est bon mais c’est pas aux « Hommes Primordiaux » qu’il donné les fragments de son âme. Le Pygmée est le SEUL homme Primordial si je ne m’abuse. Ceux que vous voyez dans DS3 seraient ses descendants, sa lignée 
Il me semble avoir vu que Manus se serait dévoué pour servir d'offrande et donc partir pour Oolacile, à l'instar de Filianore, et en échange de celle-ci aux pygmées afin de sceller la "bonne entente" entre les Dieux et les Hommes, mais je n'en suis pas sûr. Par on ne sait quelle méthode, celui-ci serait mort, et aurait été enterré profondément sous la cité. Mais les générations passant, les habitants d'Oolacile auraient profané la tombe de ce qui fût le premier des Hommes, et c'est là que ça devient flou puisque celui-ci serait revenu sous une forme bestiale (et pour ça j'adore vraiment l'aspect simiesque de Manus qui symbolise la bestialité de l'Homme, un primate sauvage et déchainé), ne contrôlant pas sa rage. Tout ce qu'on sait, c'est qu'il recherche le pendentif, et que c'est là un désir qui le ronge, qui le rend fou de colère, un désir qui lui fait ressentir tout ce qu'il y a de plus douloureux pour les Hommes (la mélancolie, la tristesse, la colère)
J’ai pas joué à DS3 donc je peux pas répondre sur tous les points, mais je pense plus qu’il soit mort de cause naturelle soit a été assassiné.
Effectivement, les mages d’Oolacile ont profané sa Tombe et volé son pendentif 
Son aspect simiesque, outre le rappel de l’ancêtre commun des Grands Singes, provient je crois du fait qu’il a utilisé l’âme Sombre pour se venger, appelant ( ou créant ? ) les Abysses.
On peut soupçonner Kaathe d'être à l'origine de la profanation de sa tombe, car en tant que Rôde-Ténèbres, son but est, certes de découvrir un monarque digne de ce nom afin de diriger les Hommes, mais aussi d'étendre l'essor des Ténèbres sur le monde. Oolacile étant une ville dont la magie était basée sur l'antithèse des Ténèbres, la Lumière, Kaathe désirait sûrement éradiquer purement et simplement Oolacile. Quoi de plus cynique que d'engloutir une ville reconnue pour sa magie de la Lumière... sous les Ténèbres ?
Oui, c’est Kaathe qui, dans son jeu avec Frampt, a convaincu les habitants d’Oolacile ( et plus tard de la Nouvelle Londo ) d’utiliser des sources interdites de magie.
Frampt, lui, manipulait les Seigneurs pour « lutter » contre les Abysses.
Autrement dit, même l'élite des Dieux (Outre Gwen lui-même, peut-être ?) ne peut défaire Manus.
Alors on peut-être relancer ce débat ici, mais dieux sans Majuscule s’il-te-plaît 
Les Abysses seraient une création humaine ( la Malédiction qui découle de l’âme Sombre ), et les Seigneurs, dont Gwen, ont peur de l’Humanité pour son potentiel. Donc c’est pas décpnnat de voir en les Abysses la menace inarrêtable.
A sa mort, celles-ci volent littéralement en éclat, et chaque sentiment habitant Manus va se matérialiser sous la forme d'une créature des abysses, et l'on connaît leurs noms grâce à Dark Souls II (Nashandra pour le Désir, Alsanna pour la Peur, Elana pour la Colère, etc)
Ironiquement, cette phrase pourrait prouver que ce que tu disais plus haut est erroné 
À la Mort de Manus, l’âme Sombre se fragmente et crée les « Filles de Manus », chacune héritant d’un sentiment de leur Père.