Sur Pro Tools c'est classé par catégorie et/ou par développeur.
Sur Logic c'est moins bien foutu, les plugins de base sont classés par catégorie mais les plugins externes sont à part et classés par développeur...
Il semblerait que sur la version X il y ait la possibilité de réorganiser soi-même les plugins (mais quand on en a beaucoup ça peut vite devenir chiant...)
Mais il semblerait que la meilleure solution soit encore Auganizer http://www.pluginboutique.com/product/72-Utility/1023-Auganizer qui permet de classer ses Audio Units dans plusieurs logiciels dont Ableton!
Evidemment qui dit Audio Unit dit Mac only...
Je ne sais pas s'il existe une alternative Windows.