Salut,
Alors par ou commencer....
La seule façon de rajouter un effet de potion à un beacon est via une commande qui va influencer ses tags.
On en distingue 2 : Primary et Secondary. Chacun prend en argument un ID d'effet de potion, et si c'est le même, alors l'effet de potion sera de niveau 2.
Tu souhaites maintenant que cet effet soit "Mining Fatigue" afin d'empêcher le minage de blocs. Cet effet agit comme il suit : une fonction chelou ressemblant à une exponentielle que j'ai la flemme de décrire mais fait moi confiance.
Comme tu peux le constater, empêcher complètement (ou même partiellement) le minage d'un bloc requiert que le niveau de l'enchantement soit bien supérieur a 2, ce qui rend la méthode du beacon par modification de ces effets impossible.
Autre gros problème : le mining fatigue affecte aussi la vitesse de frappe. Empêcher quelqu'un de miner l'empêchera donc aussi de frapper quoi que ce soit.
Nous nous retrouvons donc avec 2 problématiques ;
- Il faudrait donc trouver une autre méthode pour donner ton effet, à la rigueur toujours en nécessitant un beacon, mais sans l'utiliser de manière directe.
- Il faudrait donc aussi trouver un autre effet à appliquer pour empêcher le minage.
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Répondre à la deuxième problématique est simple : le gamemode 2.
Les avantages : empêche aussi la casse des blocs qui se brisent instantanément, nous permet de ne pas avoir à gérer l’exception du "telle personne peut casser les blocs donc on lui enlève l'effet de potion".
L'inconvénient : il ne peut pas placer de blocs (avantage si ces blocs sont de la TNT et un levier mais désavantage si ce sont des blocs pour sortir d'un trou mis (in)volontairement par le ayant-droit des lieux).
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La première problématique est évidement plus complexe. Il faut donc passer en gm2 les joueurs entrant dans la zone, et les remettre en gm0 dès qu'ils en ressortent, en mettant comme exception le propriétaire du beacon. Bref ca va être chaud mais soyons confiant. 
Je décompose les choses à faire en plusieurs points afin de clarifier les choses. Note que je marque aussi mon raisonnement, utile si tu souhaites piger et pas juste appliquer bêtement.
- On veut donc un equivalent au beacon. Hors seuls les entités permettent de faire des commandes de façon relatives. Nous allons donc utiliser un armor stand comme marqueur, qui sera donc petit, invisible, invunerable et sans hitbox (je reviendrait sur comment l'invoquer par la suite).
- On veut ensuite faire en sorte que ce faux beacon qu'est l'armorstand soit caché dans un vrai, necessaire à l'effet gm2.
Pour cela, nous allons procéder de la sorte (il existe d'autres méthodes mais passons) : la réunion de 1 ou plusieurs items sur un même bloc, qui plus est un beacon, fera disparaître les objets et fera appaitre notre armorstand marqueur dans le bloc beacon.
De plus, le fait de casser le beacon (donc de détecter que l'armorstand marqueur n'est plus dans celui-ci) killera l'entité et fera apparaître les items qui ont été nécessaires à sa création.
- Bon là on a notre marqueur c'est cool. Maintenant il faut qu'il prenne le comportement du beacon, c'est à dire que l'effet "gm2" ne permet pas de mettre d'autre effets (à moins que tu veuilles qu'il soit considéré uniquement comme l'effet primaire ou secondaire, a toi de me dire) et qu'il émette dans une portée égale à la portée normale d'un beacon a X étage(s).
Pour le premier cas on utilise le tag Lock afin de verrouiller l'accès au bloc beacon.
Pour le second cas on fait un testforblock en regardant la valeur du tag Levels.
- Maintenant qu'on a un faux beacon fonctionnel, il faut faire en sorte que cet effet ne soit pas appliqué a son proprio, et surtout que cela soit unique a chaque proprio, et la on va se marrer.
Le seul système que je vois se divise en 2 cas :
- Le proprio place son premier beacon : on lui associe donc à lui et à l'armorstand une valeur aléatoire dans un score de telle sorte que la proba que 2 proprio est la même valeur soit quasi impossible (et encore on devrait pouvoir mettre une sécurité qui test si la valeur a deja été attribuée et qui refait un test d'aléaoire sinon.
- le proprio n'en n'est pas à son premier beacon : on récupère la valeur de son score pour l'appliquer a notre armorstand.
Si t'a bien suivi on a donc chaque proprio qui possède la même "clé" (ici un score) que tous ses armorstands-beacons.
- Maintenant tu te demandes sans doute "mékékekommen on jèr sa ?".
C'est tout simple, on fait une chaîne de commande dans l'ordre suivant :
- attribution du tag "PasCasser" aux joueurs dans la zone d'un armorstand
- tester si un score d'un joueur correspond avec celui de l'armorstand, si oui lui enlever le tag
- mettre en gm 2 tous les joueurs avec le tag
- mettre en gm 0 tous les joueurs sans le tag
- enlever le tag à tous les joueurs qui ont le tag
- et c'est reparti pour un tour
Je crois ne pas avoir oublier d'étapes, avec tout ce bazar on devrait donc avoir le système fonctionnel.
Il ne reste plus qu'a mettre tout ça en commandes et à définir les items à jeter sur le beacon ainsi que le rôle de l'effet (primaire, secondaire ou les deux en même temps ?).
Je te laisse déjà digérer tout ça, on s'occupe des commandes dans un second temps 
Je fais remarquer tant qu'a faire que mon systeme permet certains trucs funs comme bypasser un autre beacon avec le sien en faisant en sorte que les zones d'actions de beacon soient communes, ou encore mettre en vente via un PNJ custom des outils capables de break certains blocs voir memes les beacons afin de se la jouer agent secret :p
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PS : je t'annonce déjà 2 failles au système :
- une personne qui connait la clé de lock (un admin donc) peut quand même mettre des effets au beacon
- si quelqu'un est plus pret que toi du beacon pendant que tu lances les items, il sera défini comme le proprio
PPS : pour virer manuellement un beacon relou qui met en GM2, plusieurs solutions :
- se give une pioche qui permet de miner les beacons même en gm 2
- detruire le beacon via un setblock
- kill l'amorstand (assez dangereux en cas de fail attention)
PPPS : c'est cool ca fait du bien de se casser la tête de temps en temps, belle problématique en tout cas 
Aller je m'auto-attribue mon petit
et mon petit bravo
pour la forme.