Pour éviter les conflits, copier le contenu de votre jeu JA2 dans "C::/JA2" (ou sur "D" selon votre choix) et non pas dans "C:/Program Files(x86)/JA2" puis créer un nouveau raccourci sur le bureau et le modifier en "exécuter le jeu en mode administrateur".
C'est ce que je devais faire sous Vista et j'ai directement fait comme ça sous W10 (à savoir que c'est d'ailleurs obligatoire de déplacer le jeu hors de "C:/Program Files(x86)" si on souhaite ajouter le mod 1.13).