En général les incompatibilités sont toujours mentionnées dans les descriptions des mods sur le site Nexus.
Parfois il est possible d'installer des patchs permettant de faire fonctionner deux mods différents en même temps, sans quoi il y a incompatibilité entre les deux.
Tout cela est généralement mentionné dans les descriptions des mods sur Nexus et les patchs éventuels sont proposés dans la liste des fichiers à télécharger.
Ce travail d'installations de mods prend beaucoup de temps mais ça vaut vraiment le coup 
Personnellement, vu tes problèmes je te conseilles de tout recommencer depuis le début, supprime et réinstalle ton jeu, de même pour Fallout Mod Manager ( ou Nexus si tu le préfères, personnellement je préfère FMM ), LOOT, NVSE...etc
Aussi je te conseilles d'installer FNV4GB qui permet au jeu d'exploiter toute ta mémoire graphique, très utile si tu prévois d'utiliser de gros packs de texture, et le Stutter Remover qui supprime les effets de stuttering ( micro freeze intempestifs ). En prenant bien soin de lire les descriptions.
Une fois que tu es sûr que tout est bien installé, bien paramétré et que tout fonctionne bien, tu peux passer au téléchargement et l'installation des mods, sur le site Nexus de préférence.
A partir de la, comme pour l'installation des outils précédents, il faut procéder pas à pas, recherche les mods qui t'intéressent dans chaque catégorie qui t'intéresses, et installe les uns par uns après avoir lu chaque description et vérifié quels sont les problèmes d'incompatibilité, télécharge les patchs pouvant régler les problèmes qui te concernent en fonction des mods que tu as installé, ou interdit toi carrément d'installer un mod si tu penses qu'il ne sera pas compatible avec un autre et que tu n'as pas moyen de régler le problème.
Durant cette opération il se peut que l'utilisation de FMM soit nécessaire pour installer certains mods au format .fomod.
Après tout cela effectué, active tout tes mods avec FMM, puis vérifie et corrige leurs ordre avec LOOT.
Note : Si tu installes des packs de texture, veille premièrement à ne pas installer plusieurs packs modifiant les mêmes textures, et surtout à utiliser l'archive invalidation de FMM ( je ne sais pas si c'est disponible sur NMM ) après l'installation des textures en décochant l'archive invalidation puis en la réactivant, cet fonction est trouvable dans l'un des onglets de FMM.
Note 2 : L'installation des ENB est un procédé un peu plus complexe que l'installation de la plupart des mods, la encore fais bien attention aux instructions d'installation si tu souhaites en installer un.
En espérant t'avoir aidé 