J'ai commencé Mass Effect 3 il y a pas longtemps (sur PS3) et j'ai eu le même soucis. Au final la solution la plus "simple" a été de prendre en photo le visage de mon Shepard du 2 pour tenter de s'en rapprocher au maximum avec l'éditeur du 3 
Du coup il y a assez peu de différences entre mes deux Shepard (que je considère être un seul et unique Shepard), à part la coupe de cheveux et deux trois infimes détails, du coup mon Shepard s'est juste coupé les cheveux entre le 2 et le 3 
De toute façon j'ai l'impression que les personnages ne sont pas modélisés de la même manière, particulièrement les humains qui ont une peau plus granuleuse et plus marquée 
Mais heureusement la voix reste la même donc ça accentue le fait que ce soit le même personnage, et le plus important est quand même de garder une cohérence au niveau du scénario et des choix qu'on a fait dans les deux premiers 