Tu fais comme tu veux, mais si tu veux garder un jeu stable tout en ajoutant des mods, oui tu as tout intérêt de ne plus jouer que par MO, et surtout de n'installer tes mods que par lui
si tu dois désinstaller un mod dans l'avenir a cause d'une incompatibilité entre mod, si tu les as installé dans data, et qu'un mod a écrasé des fichiers d'un autre mod en s'installant, en général tu ne peux faire que réinstaller l’entièreté de tes mods 10 - 20 mods c'est encore gérable ( j'en ai plus de 300 installé dans différents profiles )
lorsque tu utilises MO, il virtualise ton répertoire data de skyrim au lancement, avec tous les mods qui sont activé, dans MO la colonne de gauche, revient à dire qui écrase qui (de 1 à ... ), comme si tu les avais installé dans cette ordre, colonne de droite l'ordre de chargement des mods dans skyrim