Sur les premières versions du jeu, les missions secondaires (escarmouches de gang, activités annexes) apparaissent plusieurs fois aux mêmes points sur la carte. Le jeu les enregistre comme terminées dans ton pourcentage global mais continue de te les proposer si tu veux les refaire. Vérifie dans ton menu "Stats" si c'est bien le pourcentage d'histoire principale qui bloque ou si c'est juste les activités.
Par contre si tu parles des vraies missions de l'histoire qui réapparaissent, là t'as un bug de sauvegarde. Essaie de forcer un chargement manuel plutôt que la sauvegarde automatique.