Yes ils sont indépendants, la seule chose que tu pourrais manquer c'est des persos repris et quelques références gentillettes, mais pas au point de te gâcher complètement l'expérience hein
Par exemple du 3 au 4, pour l'instant j'ai vu vite fait ce que je pense être un easter egg sur un perso du 3 mentionné par un PNJ seulement si tu lui parles (c'est pas sa fonction principale à la base) et un perso que tu vois "grandir" dans le 3 mais il a pas d'importance du tout dans l'histoire (indice : le perso du 4 trouve qu'il a un jingle méga entraînant, contrairement au protag du 3)
Concernant l'ordre c'est vraiment comme tu préfères, même si je conseille 4 puis 5 surtout pour des questions de gameplay (ça peut en rebuter le recul en termes de jouabilité) mais si ça te freinera pas tu peux les faire dans l'ordre que tu veux