Perso , je "réinitialise" mon pc tous les 6 mois , et du coup ça affecte juste mon ssd windows , mon hdd à coté ou j'ai mis le dossier téléchargement , documents etc ... Se configurent automatiquement à la réinstallation .
Mais pour répondre à ta question de base , il faut seulement formater le ssd . Les disques durs additionnels ne sont en aucun cas un frein pour la rapidité de windows . Sauf si ceux ci sont endommagés et dans ce cas la , les jeux que tu as sur ce disque se chargeront très lentement par exemple .
Et si tu utilise steam pour les jeux alors il faudra simplement que tu possède une bibliothèque de jeux sur un autre disque dur . Après avoir réinstallé windows...