Salut,
Avant de lancer ce genre de procédure, as tu essayé les solutions habituelles de nettoyage ? A savoir un bon coup de Ccleaner, une analyse complète à l'aide de ton antivirus, un petit coup d'Adwcleaner etc ?
Après, si tu as fait des sauvegardes de ton système, il est possible d'en relancer une. Ton système sera la même qu'à la date de la sauvegarde.
Au dela de ça, à ma connaissance, il n'existe aucun genre de "réglage d'usine" pour remettre ta machine à zéro mais en gardant Windows dessus. Je pense que le formatage de ton HDD est le seul moyen, mais je peux me tromper.
Après, l'autre option, pour ne pas payer une licence Windows, et surtout si tu ne joues pas, c'est de le remplacer par Linux. C'est une voie à explorer aussi.