Si tu as réinjecté le ntldr, fais un coup de bootrec /scanos puis bootrec /rebuildbcd
Une fois fait, redémarres toujours en console de réparation et fais un chkdsk /f /r (si vista/7/8) ou /p /r (si XP).
Normalement ça devrait remettre la partition d'aplomb et restaurer le mbr pour que Windows s'y retrouve parmi les modifs.