je ne vois pas le rapport avec MS-DOS, le Maitre de l´Olympe - Zeus ne fonctionne que sous Windows, et fonctionne très bien sur Windows XP.
Pour l´autoexec.nt, suis ces instructions [solution 3] 
http://www.commentcamarche.net/faq/sujet-819-Autoexec-NT
Pour ton problème, précise un peu plus, sinon essaye le mode compatibilité, en mode Windows 98
Toufefois ça me semble étrange, ça fonctionne parfaitement chez moi.