Oui, on prononce le U "OU", après pour savoir s´il est muet ou non, il faut voir le contexte ^^
Par exemple, pour "merci beaucoup", on peut dire "Arigato gozaimasu", et ça se prononce "Aligato godzaimass".
D´après ce que j´ai entendu dire, prononcer le U en fin de mot fait puéril ^^
J´ai trouvé une citation qui peut aider:
"Il s´agit là d´une des difficultés de la prononciation japonaise. Soit le "u" japonais ne se prononce pas, soit il correspond à un "ou" très atténué. Par ailleurs, selon les locuteurs, ce "ou" sera plus ou moins prononcé (de la même façon qu´un Français prononcera plus ou moins la lettre "e" dans le mot "pâquerette").
Dans les exemples que vous citez, le "u" n´est pas complètement silencieux, il est simplement très peu prononcé, d´où la présence du "ou" dans la transcription phonétique. Elle doit vous permettre de ne pas confondre ce "u" avec le "u" silencieux, même si ces différences peuvent être difficiles à saisir à l´écoute ! "
Enfin bon, il y en a beaucoup à dire mais ce n´est pas trop le sujet ^^