En gros la Seele veut réaliser le plan de complémentarité de l'homme en déclenchant le 3ème Impact, ce qui aurait pour effet de réunir les âmes de touts les Hommes en une seule existence, détruisant ainsi tout concept d'individualité (c'est ce qui se serait passé si Shinji avait fait un choix différent dans The End of Evangelion).
Gendo fait mine de suivre les plans de Seele, mais la seule chose qu'il souhaite c'est se servir de l'Instrumentalité pour être réuni avec Yui (donc a priori il ne veut pas affecter le reste de l'humanité, mais dans les faits ce qui serait arrivé si Rei ne l'avait pas trahi est un mystère).