Un reboot je suis d'accord, un évènement dont on ignore tout a du permettre une réinitialisation mais une histoire alternative non, les séquelles laissées par la série et end of sont clairement visibles.
La présence de la mer de LCL présentée de la même façon qu'on l'avait laissée à la fin de end of, la trace des eva 05 à 13 crucifiée lors du troisième impact de end of sur les montagnes, la trace du sang de lilith sur la lune, Kaworu qui dit clairement qu'il veut réussir à rendre Shinji heureux cette fois-ci ce qui signifie qu'il y a eu au moins une fois précédente où il a échoué, ...
On peut même noter le fait que le baladeur de Shinji passe pour la première fois à la piste n°27 et l'existence d'un troisième ange avant Sachiel.
Les manuscrits de la mer morte peuvent même prendre un autre sens dans ce cas, ce ne sont plus forcément des prophéties mais des récits historique dû à un éternel recommencement, mais bon ça ce n'est que de l'hypothèse.