Le manga reprend au moment ou Shinji étrangle Asuka, il finit par la lâcher et elle se barre en courant dans Tokyo qui est complètement vide et délabrée. Il n'y a plus qu'eux deux sur Terre.
Shinji finit par partir à sa recherche, la retrouve, ils s'engueulent. Après ils décident de rester ensemble, même si Asuka le déteste, pour survivre : Ils ont aménagé un appartement et vivent en ville en se nourrissant de ce qu'ils trouvent dans les magasins.
Après quelques temps, Asuka lui dit qu'elle va partir, elle veut retourner en Allemagne pour retourner chez elle. Shinji décide de partir avec elle : Avec ce voyage ils espèrent aussi trouver d'autres personnes (mais il n'y a qu'eux deux)
Commence alors un long voyage à pieds, en voiture, etc... Ils avancent de ville en ville. Pendant l'hiver ils font une pause à cause du froid : Ils restent quelques temps dans la même maison avec un feu de bois
Petit à petit Shinji et Asuka se rapprochent, on est loin de la relation amoureuse mais c'est un peu plus amical.
Ils finissent par arriver en Allemagne à l'endroit où Asuka voulait se rendre : le laboratoire de la Nerv ou travaillait sa mère. Le bâtiment est toujours "comme neuf" et tout l'équipement fonctionne (même s'il ne sert plus à rien) et à l'intérieur du complexe il y a une maison complètement aménagée.
Ils restent sur place quelques temps, explorent les environs, et hésitent à repartir
Finalement Asuka décide de rester vivre là, de toute façon ils n'ont trouvé aucune personne vivante, pas besoin de continuer plus loin. Shinji s'installe avec elle.
[FIN]
Sur la dernière page on voit Asuka et Shinji adultes, mariés, ils habitent toujours dans le complexe de la Nerv et jouent avec leurs enfants sur le toit du bâtiment.