Je te conseille de virer FOOK2, les risques d'incompatibilités avec FWE sont importants. Et il vaut mieux garder ce dernier car il change radicalement le gameplay contrairement à FOOK2 qui est plus léger. D'autant que FWE offre une interface ingame pour paramétrer chaque option (c'est très poussé, ça m'a pris 20mn la 1ère fois ; tu peux modifier à tout moment).
Ajoute aussi MMM qui complète bien (et qui possède aussi une interface pour paramétrer).
Avec WMK tu as le trio de base pour une modification profonde du jeu.
Un conseil : ne sois pas trop gourmand niveau des paramétrages de FWE et MMM, j'entends ne fous pas tout difficulté max, ça rend le jeu impossible. Je l'ai fait j'avais plus l'impression de jouer à un try & die qu'autre chose. Enfin tu peux modifier à tout moment jusqu'à être satisfait.
A cela ajoute Classic Fallout Weapons Revived (fais attention qu'il existe une ancienne version, prends bien "revived" (résurrection si tu veux en fr)), qui ajoute des tas d'armes respectueuses de l'univers.
Malheureusement WMK ne fonctionne pas avec (je crois il y a un patch de compatibilité mais à vérifier).
J'ai pas trop moddé mon jeu graphiquement donc je peux pas trop t'aider sur ce point.
J'ai pris NMC cela dit, fais attention à prendre une version compatible avec ta config (si tu as des doutes poste la ici).
Et sache que NMC ne modifie pas toutes les textures, ils ne touche pas aux PNJ notamment.
Concernant les plugins de compatibilité, ce sont en fait juste des mods qui interviennent sur les données modifiées conjointement par deux mods différents.
Pour donner un exemple très concret : une arme via un mod fait 100 de dégats, via un autre 200. Le mod de compatibilité le fout à 150. Ou 100. Ou 200. C'est très empirique. A la limite il vaut encore mieux que tu le fasses toi-même.
Concernant les conflits, tu en auras forcément (entre les différences légères de texte, les différences de valeurs et j'en passe). Après ya conflit et conflit.
Ce qui compte c'est qu'il n'y ait pas de conflits qui rendent le jeu instable voire entraine un crash systématique.
Pour l'interface, prends ce mod : http://www.nexusmods.com/fallout3/mods/15932/
Modification des couleurs, des polices toussa pour que ce soit plus confortable sur PC. Ainsi qu'ajout d'informations visibles (paramétrable).
Après il y a quelques autres mods que je pourrais te conseiller.
Mais on verra demain là je suis fatigué 
Et de toute façon déjà faire marcher ensemble FWE + MMM + WMK est une gageure.
Pour cela tu devras obligatoirement passer par FO3Edit.
Ce programme est aussi utile que compliqué à utiliser. Et il est très très très utile.
Il y a un tuto (en anglais) : http://www.nexusmods.com/fallout3/mods/8629/
Bon après pour tout ce qui est de comment installer un mod avec FOMM, comment installer FOSE toussa toussa, il y a 1000 000 de posts ici ou ailleurs qui l'expliquent.