Pour les quêtes annexes, cf TACTAC.
Pour tes compagnons, ils retrouvent la totalité de leur vie après chaque combat. normalement, un trajet rapide les soigne aussi.
Sinon, en leur parlant, tu peux leur proposer des stimpacks. Peut être que si tu en mets dans leur inventaire ils le font seuls en cas de besoin (chose rare) mais je te le garantis pas.