Si ce n´est pas déjà fait, créez dans votre dossier cfg un fichier au nom de unnom.cfg (généralement on le crée comme userconfig.cfg) ou on entre toutes ses configs persos comme votre cmd, les rates, binds... Ensuite mettez ce fichier en lecture seule, et à la fin de votre vrai config.cfg, ajoutez la ligne exec unnom.cfg (par défaut il y a exec userconfig.cfg, d´ou le nom souvent employé).
L´autre solution est de modifier directement votre config.cfg, à vos risques et périls s´il vous faut réinstaller, par exemple.