non, au contraire installé le jeu sur un autre disque dur ne peut que faire de bien au niveau des performances
mes quand on a réinstallent Steam&Counter il a tendance à buger pendant la première heure de jeu et après ça roule nickel (sûrement le temps pour lui de décompresser certains fichiers, il peut aussi arriver qu´en entrant sur une map le jeux Ram d´une façon plutôt bizarre pendant une à deux minutes, laisse le buger en paix et il se remettra tout seul, expériences vécues)
vérifie que tu as bien tout réinstaller ( Driver Son/Video/Chipset DirectX9.0c etc..)