Après avoir exterminé tous les Metroids, Samus rencontre sur le chemin du retour une larve de ce monstre et décide de le garder, le considérant comme une sorte de bébé, et n´ayant pas la force de le tuer. Pour le protéger de mauvaises utilisations, elle laisse cette larve entre les mains des scientifiques de la station orbitale... mais ne reste pas longtemps, car Ridley, un des sbires de Mother Brain (boss devenus typiques dans la série Metroid) enlève cette larve pour le mettre à profit des pirates de l´espace. Malheureusement, Samus arrive trop tard dans la station spatiale et se rendit compte qu´elle devait encore une fois affronter ses ennemis de toujours sur leur lieu de prédilection : la planète Zébès.
