Le jeu se découpe en deux scénarii : l´un suit l´aventure des héros, l´autre celle des méchants.
L´aventure des héros commence lorsque Sonic est pourchassé et capturé par des soldats pour un vol qu´il n´a pas commis. Tails part le délivrer.
L´aventure des méchants commence lorsque Eggman pénètre dans un laboratoire secret et y découvre Shadow, un hérisson noir censé être l´arme suprême.
Parallèlement, Knuckles l´échidné et Rouge la chauve souris se battent pour la Master Emerald, une émeraude géante qui peut contrôler les chaos Emerald. Knuckles, le gardien de la Master Emerald, finit par rejoindre Sonic, et Rouge, la chasseuse de trésors, rejoint Eggman, qu´elle doit espionner pour le compte de l´état .