J´avais le meme probleme, je viens de trouver une solution. Peut etre pas la meilleure mais au moins ca marche.
Il suffit de créer un nouveau profil puis de quitter le jeu.
Ensuite allez ds mes documents puis documents de "votrenom" puis Battlefield 2 puis profiles.
La vous allez dans le dernier profil que vous avez créé. (si c´est le 2eme, alors allez ds 0002).
Là vous copiez tous les fichiers sauf celui apellé profile et vous les collez dans votre profile (dans mon exemple, 0001).
Vous relancez alors le jeu, reconfigurez vos touches et ca marche!!!