Commence une partie (de préférence à Kyoto pour aller plus vite), gagne le tournois local et choisi un laissez-passer pour Iga. Le dojo Yoshioka sera donc disponible.
Visite ce dojo jusqu´à rencontrer le maître du dojo, Seijuro Yoshioka. Continue à rendre visite ce dojo jusqu´à ce qu´un événement se déclenche où tu rencontres le jeune frère de Seijuro, Denshichiro Yoshioka.
Reviens à nouveau et au bout d´un moment tu verra une cinématique où Denshichiro bat brutalement un élève dans un entraînement. Continue à revenir et Seijuro te racontera qu´il a reçu une invitation de duel de la part de Miyamoto Musashi. Après cette conversation quitte Kyoto et reviens à nouveau.
Quand tu reviendra tu entendra des rumeurs comme quoi Musashi aurait battu Seijuro.
Va au dojo, et tu verra Denshichiro hors de lui entrain d´ordonner aux élèves de chercher où se trouve Musashi. Après cet événement tu ne pourra plus revenir au dojo.
Après ça, va dans la maison de thé le matin pour combattre au bokken. Une fois un combat remporté, part et un samouraï quelconque te parlera du temple Hozoin. Maintenant va dans ce temple jusqu´à ce que tu puisse te battre à mort contre le maître du temple, Hozoin Inshun, et tue-le.