Les Shadow Hearts sont pas mal aussi ! Même s'il faut adhérer au mélange étrange entre l'humour décalé des héros et l'ambiance plutôt "dark". Les deux premiers opus sont particulièrement reconnus pour cela, le troisième un peu moins.
Sinon dans un genre un peu différent mais avec un scénario loin d'être "kawai", tu as les Valkyrie Profile (sur PSone/PSP et PS2).
Après tout dépend ce que tu entends par sombre/obscur parce qu'avec comme seule référence FF6, ça ne me parle pas trop. (D'autant plus que je ne l'ai pas trouvé trouvé spécialement "sombre".)
Tu as aussi certains T-RPG qui développent des histoires plutôt matures, accès autour des luttes de pouvoirs entre royaumes, des trahisons, etc ... Final Fantasy Tactics (celui sur PSone/PSP) ou les Tactics Ogres sont d'assez bons exemples je trouve.