Ben, les deux ont des utilités différentes.
IL-2 Manager te permet de modifier certains paramètres (graphismes, difficultés, options de jeu, options de campagnes, etc...).
IL-2 MAT MANAGER permet de modifier les marquages par défaut du jeu, dans ce genre là :
http://www.leigh-kemp.pwpp.blueyonder.co.uk/example.htm
Perso, je n´ai jamais eu de problèmes lors de l´installation.