Prien fit ses premières armes à bord de l´U-26 ( type 1-A) puis le 17 décembre 1938 il prit le commandement de l´U-47, un bâtiment de type VII B avec le grade de K. L. Le 14 octobre 1939, durant la nuit, l´U-47 pénètre à l´intérieur de la base britannique de Scapa Flow dans les îles Orcades et surprend à quai le cuirassé Royal Oak qui est envoyé par le fond.
Prien va ensuite s´illustrer avec son équipage au cours de nombreuses missions en Atlantique jusqu´à la campagne de Norvège.