Ben le mieux c´est de prendre un programme qui les encode lui meme, quand du prends la vidéo. Vdownloader fait ca, pour youtube, dailymotion, google et grinvi, et tu peux choisir le format dans lequel enregistrer les vidéos.
Et pour le prendre (en plus il est gratuit)
http://www.enriquepuertas.com/wp-content/files/vdownloader.zip