C'est probablement une structure naturelle. les roches sont calcaires plus ou moins gréseuses et on été reporté par corrélation stratigraphique qu'il s'agirait du faciès Yaeyama datant du Miocène inférieur (soit 20 Ma environ ) on y retrouve apparemment des cannelures ( traces de glissement tectoniques) donc a mon avis. le massif est totalement naturel; des dépôts calcaires remontés par inversion tectonique en gros.
Après je ne dit pas qu'il n'est pas pu être travaillé et façonné il y a 10 000 ans par une ancienne civilisation, puisque le niveau marin étant plus bas, la structure était alors émergé.
sources: http://www.robertschoch.net/Enigmatic%20Yonaguni%20Underwater%20RMS%20CT.htm et http://news.nationalgeographic.com/news/2007/09/070919-sunken-city.html publié par Robert Schoch (géologue a l’université de Boston)